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Er trug die größte Einzelsammlung aus China und Japan zusammen, ca. 1200 Arten und über 100.000 Herbarbelege von 5.000 Pflanzen brachte er von seinen Reisen nach China, Japan mit.
1917 und 1918 sammelte er in Korea und Formosa. Dort fand er in der Nähe der Stadt Kurume auf der Südinsel Kyushu, auf dem heiligen Berg Kirishama die beiden Elternpflanzen der Kurume- Hybriden. Vom Arnold Arboretum aus traten die zwergförmigen Kurume-Azaleen mit dem breiten Farbenspektrum ihrer Blüten später den Siegeszug in die Gärten der westlichen Welt an.
In Nordchina fand er riesige Felder blühender Königslilien (Lilium regale). 6000 Zwiebeln gruben er und seine Träger nach der Blüte aus. Auf dem Rückweg wurde er auf einem schmalen Bergpfad vom Steinschlag getroffen (nach anderen Quellen stürzte er aus der Sänfte) und stürzte von einem Felsen, wobei ihm das Bein zerschmettert wurde; er schiente sein Bein mit dem Fotostativ. Drei Tage später erreichte die Gruppe ein Missionslager, wo das Bein trotz massiver Infektion gerettet werden konnte. Die Verletzung heilte aber nie ganz aus und er humpelte den Rest seines Lebens; er selbst sprach von seinem "Liliengehumpel".

Zu seinen Entdeckungen zählen der immergrüne Schneeball (Viburnum davidii), Pagoden-Hartriegel (Cornus controversa), Zimtahorn (Acer griscum), die Clematis tangutica, Clematis montana var. rubens, chinesische Magnolie, Meconopsis integrifolia, Astilbe Davidi, Paonia Veitch, Bambus (Sinarundinaria murielae, benannt nach Wilsons Tochter Muriel). Sechzig Arten und Sorten von chinesischen Pflanzen tragen seinen Namen.

Seine Frau Helen (geb. Ganderton), der er die Rosa helenae (siehe oben) widmete, war die erste Frau eines englischen Pflanzensammlers, die ihren Mann - mit der kleinen Tochter Muriel - auf einer Expedition begleitete.

Seine Tochter hatte Dr. George L. Slate geheiratet, einen Pomologen der New York Agricultural Experiment Station; auf der Rückfahrt von der Hochzeit starb das Ehepaar Wilson bei einem tragischen Autounfall in Massachusetts 1930.

In Anerkennung seiner Verdienste um den Gartenbau erhielt er viele Auszeichnungen wie die Victoria Medal of Honor der Royal Horticultural Society von London im Jahr 1912 und die Veitch Memorial Medal, The George Robert White Memorial Medal of Massachusetts Horticultural Society.

In seinem Geburtsort Chipping Campden eröffnete Roy Lancaster 1984 den ihm gewidmeten Wilson-Gedächtnis-Garten (Ernest Wilson Memorial Garden), der nach einem Entwurf von Sir Peter Shepheard mit Pflanzen, die Wilson eingeführt hatte, angelegt wurde.